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5年30余篇高水平论文:bb视讯官网夏瑞课题组研究进展

审核发布:宣传部 费思迎 来源单位及审核人:园艺学院 马强 发布时间:2021-05-28浏览次数:1666

bb视讯官网夏瑞课题组以园艺作物小RNA 为主要研究对象,以基因组学与生物信息学为主要研究手段,重点探讨园艺作物小RNA 合成途径及其在花果发育过程中生物功能。在植物小分子RNA和生信数据分析工具开发等方面取得不错成绩。近5年发表高水平论文30余篇,代表性成果发表在Molecular Plant、Nature Communications、Plant Cell、 New Phytologist等期刊上。近5年重点研究成果介绍如下:

 

主要代表研究论文:

1. 20208月,Molecular Plant杂志发表了题为“TBtools: An Integrative Toolkit Developed for Interactive Analyses of Big Biological Data”的研究论文。该论文介绍了一款生物信息学数据下游分析与利用软件 - TBtools;旨在填补生物学研究和生物信息学软件开发之间被无意忽视的需求缺口:(1)实验人员自主完成分析小任务的可能,(2)功能调用的直观友好和操作的便利,(3)开箱即用和多功能的集成,(4)发表级图形的准备与可交互操作等。


论文链接https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1674205220301878?via%3Dihub



论文发表至今,已得到广泛关注和大量引用,成为热点论文和高被引论文,已获得Molecular Plant期刊单日引用(1.5次)桂冠。

 

2. 20192月,Nature Communications杂志发表了题为“24-nt reproductive phasiRNAs are broadly present in angiosperms”的研究论文,该研究通过大范围基因组数据和小RNA数据分析,发现原以为只在单子叶中存在的、特异地在生殖器官中表达的 24-nt phasiRNAs,在木本果树荔枝(双子叶)中首次被发现,且在双子植物中也是广泛存在的,而且产生机理和时空表达模式与单子叶中的类似。这一研究结果扩展了我们对于 phasiRNA 的认识,进一步证实其广泛性和功能的重要性。这一通路中miR227524nt phasiRNA在荔枝花药发育及花性别分化过程中呈现不一样的表达模式。



论文链接:https://www.nature.com/articles/s41467-019-08543-0

 

3. 20176月,Plant Cell杂志发表了题为“The emergence, evolution, and diversification of the miR390-TAS3-ARF pathway in land plants”的研究论文。该研究收集大量的植物基因组和转录组数据,主要利用比较基因组学和生物信息学分析,详细阐述了miR390-TAS3-ARF这一通路在陆生植物中的产生,进化和多样化过程。这一研究使我们进一步弄清楚了这一小分子RNAmiR390tasiARF)参与的植物生长素信号转导调控途径的主要基本特性和具体作用机制。



论文链接:https://academic.oup.com/plcell/article/29/6/1232/6099315

 

4. 20201月,New Phytologist杂志发表了题为“MicroRNA528, a hub regulator modulating ROS homeostasis via targeting of a diverse set of genes encoding copper‐containing proteins in monocots”的研究论文。该研究发现miR528在香蕉中靶向多酚氧化酶(PPO)基因,在香蕉低温胁迫过程中扮演非常重要的角色。低温条件下,香蕉中miR528表达下降,导致PPO基因表达成百倍增加,从而引起活性氧(ROS)水平的上升,最终导致香蕉果皮褐变性状的出现。同时,该研究通过大范围比较基因组分析,发现miR528在不同的单子叶植物中具有不一样的靶向偏好性,但是大部分靶基因都编码含铜相关蛋白,通过参与多样化的氧化还原反应广泛调控植物体内活性氧的代谢平衡。

论文链接:https://nph.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/nph.16130

 

5.20183月,New Phytologist杂志发表了题为“Coupling of microRNA-directed phased small interfering RNA generation from long noncoding genes with alternative splicing and alternative polyadenylation in small RNA-mediated gene silencing”的研究论文。该研究通过小RNA测序,降解组测序和转录组测序,结合生物信息学分析以及分子生物学实验,对荔枝miRNAphasiRNA的调控通路进行了全基因组鉴定,发现在荔枝中miRNA可以耦合可变剪切/选择性多聚腺苷化诱发不同转录本区域内phasiRNA的产生,进而介导基因沉默的调控通路,这一种调控模式在荔枝花果发育过程中富集,并可能在植物中广泛存在。



论文链接:https://nph.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/nph.14934

 

6.20213月,Horticulture Research杂志发表了题为“sRNAanno—a database repository of uniformly annotated small RNAs in plants”的研究论文。该论文介绍夏瑞课题组致力于优化和完善植物miRNAs,phasiRNAshc-siRNAs的注释流程与信息整理,整合已有数据与资源,对>140个已完成基因组测序的植物进行深度小RNA注释,建立并公布植物小RNA注释数据库sRNAannowww.plantsRNAs.org)及其使用方法等。

论文链接:https://www.nature.com/articles/s41438-021-00480-8

 

 

7.202010月,Plant Cell杂志发表了题为“Phased Secondary Small Interfering RNAs (phasiRNAs) in Plants: Their Biogenesis, Genic Sources, and Roles in Stress Responses, Development, and Reproduction”的综述文章。该综述主要从四大部分概括了phasiRNA生物学的最新进展,尤其关注与雄性生殖相关的两类phasiRNA: 21-nt(在花药发生早期积累)和24-nt(在细胞减数分裂期间产生);概述了phasiRNA的生物起源、功能和进化。最后,提出尚未解决的问题,以及对未来研究的展望。


论文链接:https://academic.oup.com/plcell/article/32/10/3059/6099405

 

8. 20198月,Molecular Plant杂志发表了题为“Jack of Many Trades: The Multifaceted Role of miR528 in Monocots”的Spotlight文章,文中对miR528的多面手功能进行了比较系统的总结。


论文链接:https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1674205219302242?via%3Dihub

 

9. 20189月,Horticulture Research杂志发表了题为“Small RNAs, emerging regulators critical for the development of horticultural traits”的综述文章。该文通过归纳已有研究报道,分析已公开的基因组和高通量测序数据,总结了当前园艺作物小分子RNA的研究现状,并针对主要园艺性状逐点综述重要小RNA通路,提出了进一步研究的可能方向,为园艺作物中小RNA研究作了全面的概述。



论文链接:https://www.nature.com/articles/s41438-018-0072-8

 

五年内夏瑞课题组还在Nature Plants, Nature Communications,Plant Cell等植物学著名期刊合作发表论文超过20篇(https://xialab.scau.edu.cn/fblw/list.htm)。(文图/夏瑞课题组


 



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